[주택임대사업자] 6년 단기등록임대주택 제도 시행(25년 6월 신설 / 세제혜택) - 아파트는 등록 불가

오늘은 많은 분들이 궁금해하시는 ‘2025년 신설된 6년 단기등록임대주택 세제혜택’에 대해 자세히 살펴보겠습니다.

 

1️⃣ 제도 신설 배경과 주요 내용

정부는 한때 운영되던 단기등록임대주택제도를 2020년 7월에 폐지했지만,
임대차 시장의 안정과 임차인 보호를 위해 2025년 6월 4일부로 새롭게 부활시켰습니다.

이번 제도는 “아파트를 제외한 비(非)아파트형 주택”—즉, 빌라, 다세대, 연립, 오피스텔 등을 대상으로 합니다.

기존 4년 단기제보다 의무 임대기간이 6년으로 늘었지만,
그만큼 세금 감면 혜택이 다양하게 부활했습니다.
임대인의 세 부담을 완화하면서도 임차인 보호를 강화하기 위한 정책적 취지입니다.

 

2️⃣ 단기등록임대주택 등록 요건

단기등록임대주택으로 인정받기 위해서는
지방자치단체에 임대사업자 등록 + 세무서에 사업자등록
두 가지 절차를 모두 거쳐야 합니다.

이 요건을 충족하면 단기등록임대주택으로 등록이 가능하며,
등록 시 다양한 세제 혜택이 주어집니다.

 

3️⃣ 주요 세제 혜택 정리

✅ (1) 종합부동산세

등록한 임대주택은 종합부동산세 합산배제가 가능합니다.
즉, 다른 주택과 합산하여 과세하지 않으며, 중과대상 주택수에서도 제외됩니다.
이는 다주택자에게 상당한 세 부담 완화 효과를 줍니다.

✅ (2) 양도소득세

다주택자라 하더라도 중과세율이 아닌 일반세율이 적용됩니다.
또한, 거주주택을 매도할 때 해당 임대주택은 주택수에서 제외되어
1세대 1주택 비과세 판정을 받을 수 있는 길이 열립니다.

✅ (3) 법인세

법인 명의로 건설형 임대주택을 운영하는 경우,
기존에는 법인세가 추가 과세되었지만, 이번 제도에서는 추가 과세가 배제됩니다.

 

 

4️⃣ 종합부동산세 합산배제, 등록만으로 가능한 걸까?

주의하셔야 할 점이 있습니다.
등록만 했다고 해서 자동으로 종부세 합산배제가 적용되는 것은 아닙니다.

「종합부동산세법 시행령 제8조 제1항 제11호」에서는
합산배제의 예외 주택을 명시하고 있습니다.

예를 들어,

• 이미 한 세대가 1주택 이상 보유한 상태에서
• 조정대상지역 내 주택을 추가로 취득하고
• 이를 단기등록임대주택으로 등록한 경우,

→ 종부세 합산배제는 적용되지 않습니다.

즉, 단순 등록으로는 세제 혜택을 모두 받을 수 없으므로,
등록 전 반드시 사전 검토가 필요합니다.

 

 

5️⃣ 거주주택 비과세, 반드시 확인해야 할 조건

거주주택 비과세 판정에도 주의가 필요합니다.
한 세대가 단기등록임대주택을 보유한 상태에서
2년 이상 보유·거주한 주택을 양도할 경우,
그 임대주택은 없는 주택으로 간주되어 비과세가 가능합니다.
(소득세법 시행령 제155조, 「1세대 1주택의 특례」)

하지만, 새로 신설된 2025년 단기등록임대주택의 경우
다음 조건에 해당하면 비과세를 받을 수 없습니다.

• 한 세대가 이미 주택을 1채 이상 보유하고 있음
• 조정대상지역 내 주택을 추가로 취득한 뒤 단기등록임대주택으로 등록

이 경우는 「소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 아목4」에 따라
거주주택 비과세 대상에서 제외됩니다.

따라서 비과세를 목적으로 등록하려면,
단기(6년)보다 장기(10년) 등록임대주택으로 등록하는 것이 유리합니다.

 

6️⃣ 마무리

2025년 신설된 6년 단기등록임대주택제도는
아파트가 제외되고, 적용 가능한 주택의 공시가격이 비교적 낮기 때문에
모든 임대인에게 적합한 제도는 아닙니다.

그러나, 재개발 예정지역의 빌라나 오피스텔처럼
장기 보유를 고려하는 주택의 경우,
세제 혜택과 시장 안정성을 함께 고려해볼 만한 선택지입니다.

 

세법은 항상 세밀한 조건이 많고,
등록 시기나 보유 형태에 따라 세제 혜택이 달라집니다.

따라서 단기등록임대주택 등록을 검토 중이시라면,
등록 전 반드시 세무전문가와 상담하시길 권해드립니다.